سید خلیل عالی نژاد در سال ۱۳۳۶ و در صحنه كرمانشاه متولد شد. پدرش مرحوم سید شاهمراد عالی نژاد، نوازنده تنبور بود.
سید خلیل مشق تنبور را با سید نادر طاهری آغاز کرد و پس از ۲ سال نزد سید امرالّه شاه ابراهیمی رفت . همچنین از درویش امیر حیاتی نیز بهره برد و بعدها به محضر استاد عابدین خادمی راه یافت؛ در این دوره و به صورت همزمان سرپرستی گروه تنبورنوازان صحنه را نیز بر عهده گرفت. وی در اواخر دهه پنجاه در رشته موسیقی از دانشگاه هنر فارغ التحصیل شد.
در اوایل دهه ۶۰ گروه تنبور شمس به سرپرستی کیخسرو پورناظری تشکیل شد و عالی نژاد به جمع این گروه پیوست. حاصل همکاری با گروه تنبور شمس ، تکنوازی و جواب آواز ماندگار سید خلیل در کاست صدای سخن عشق بود که با صدای شهرام ناظری انتشار یافت.
در اواسط دهه ۶۰ سید خلیل خود گروه بابا طاهر را تشکیل داد و اعضای گروه باباطاهر کاستی بیرون دادند به نام زمزمه قلندری. اواخر همین دهه سیدخلیل به وصیت مرحوم عبادی برای شرکت در مراسم خاکسپاری او به تهران رفت و دیگر هیچ گاه به دیار خود باز نگشت.
عالی نژاد پس از چند سال ماندگاری در تهران سرانجام ترک وطن کرد و به سوئد مهاجرت کرد. علت این مهاجرت هنوز دقیقا مشخص نیست ، اما سرانجام آن قتل فجیع سید خلیل بود.
در ۲۷ آبان ۱۳۸۰ در شهر گوتنبرگ سوئد ، سید خلیل به مانند دکتر شاهپور بختیار و دیگر کشته شدگان ایرانی بیرون از کشور به دست افراد ناشناس به قتل رسید و خانه و جسم بی جانش به آتش کشیده شد.